网站综合信息 www.gene-seq.com
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- 基因堂 | 基因测序生命科学探索
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邮箱:ken 电话:+86.2062219000
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gene-seq.com
域名年龄: 11年3个月19天注册时间: 2013-06-23
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Domain Name: GENE-SEQ.COM
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Creation Date: 2013-06-23
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Domain Name: gene-seq.com
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Updated Date: 2014-02-18 13:54:52
Creation Date: 2013-06-24 10:59:28
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网址:http://www.gene-seq.com/
标题:基因堂 | 基因测序生命科学探索
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网址:http://www.gene-seq.com/
标题:基因堂 | 基因测序生命科学探索
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基因堂基因测序生命科学探索菜单跳至内容首页基因堂论坛在线生物信息工具生物学数据库下载Ribose-seq: 鉴定RNA片段插入基因组DNA序列事件核糖核苷酸是RNA的基本单位，它们会在DNA复制和修复过程中嵌入基因组DNA，进而影响基因组的稳定性。然而，迄今为止人们还无法鉴定和定位这些插入DNA的核糖核苷酸。为此，乔治亚理工学院和科罗拉多大学的科学家们开发了一种新测序技术Ribose-seq。该技术可以鉴定和分析插入基因组DNA的核糖核苷酸，适用于包括人类在内的多种生物。这一成果发表在一月二十六日的Nature Methods杂志上。研究人员利用这一技术在酿酒酵母的细胞核和线粒体DNA中，绘制了核糖核苷酸的完全图谱，鉴定了核糖核苷酸插入的“热点”区域。研究显示，核糖核苷酸嵌入很普遍但并不是随机发生的。“核糖核苷酸是DNA中丰度最高的非标准核苷酸，但迄今为止人们还无法确定它们的位置和类别，”乔治亚理工学院的副教授Francesca Storici说，他与科罗拉多大学的助理教授Jay Hesselberth共同领导了这项研究。“核糖核苷酸插入会改变DNA的结构和功能。”核糖核苷酸里的羟基（-OH）能使DNA发生扭曲，形成敏感性位点。值得注意的是，-OH和碱性溶液之间的反应，会让DNA更容易被切割。Ribose-seq就是利用这一反应来检测核糖核苷酸插入事件的。研究人员先在核糖核苷酸处切割DNA，然后在此基础上构建DNA文库，文库中的DNA序列包含核糖核苷酸插入位点及其上游序列。随后，他们对文库进行高通量测序，将测序读取与参考基因组进行比对，最终获得rNMP插入事件的基因组图谱。“Ribose-seq能够特异性直接捕捉嵌入DNA的核糖核苷酸，”Storici指出。“这一技术适用于任何基因组DNA（从细胞核基因组、质粒DNA到线粒体DNA），不需要进行标准化。Ribose-seq还可以在DNA遭遇环境压力发生断裂和脱碱基时分析rNMP。”核糖核苷酸里的羟基是ribose-seq的关键，“-OH是核糖核苷酸特有的”文章的第一作者Kyung Duk Koh说。研究人员在酿酒酵母中对这一方法进行了验证。“不论是核糖核苷酸的插入位点，还是核糖核苷酸的组成都存在偏好，”Koh说。“我们找到了核糖核苷酸插入基因组的一些热点。”人们可以在此基础上鉴定不稳定的基因组区域，理解它们对DNA性能和活性的影响。下一步，研究人员将把Ribose-seq用于其它DNA，“这一技术可以用于任何生物的任何细胞类型，只要能提取出基因组DNA，”Koh说。除了DNA修复和复制以外，药物、环境压力和其它因子造成的损伤也会使核糖核苷酸插入DNA。而Ribose-seq可以帮助人们研究这些过程产生的影响。“Ribose-seq能让我们更好的理解核糖核苷酸对DNA结构和功能的影响，”Storici说,“鉴定特征性的核糖核苷酸插入，可以找到人类疾病的新生物学指标，比如癌症和退行性疾病。”参考文献：Ribose-seq: global mapping of ribonucleotides embedded in genomic DNA本条目发布于2015年2月7日。属于BioInformatics分类。作者是geno。抗癌药代购第一人陆勇：获释后每天上百名患者找我2013年8月下旬，湖南省沅江市公安局在查办一网络银行卡贩卖团伙时，将曾购买信用卡的陆勇抓获。2014年3月19日，陆勇被取保候审。7月21日，沅江市检察院以妨害信用卡管理罪和销售假药罪对陆勇提起公诉。2015年1月15日，陆勇被沅江市公安局押回沅江。1月27日，沅江市检察院向法院请求撤回起诉，而法院也在当天就对“撤回起诉”做出准许裁定。在两天后，陆勇获准取保候审，免于强制羁押。对于撤回起诉的理由，检方截至昨日仍未作出明确解释，只模糊提及司法解释发生变化。一切源于一枚被白血病病友视为救命稻草的高仿黄色小药片。由于未经国家药监部门审批，至今它仍属“假药”范畴。2002年，被查出患病后，陆勇开始连续两年服用每盒价格在23500元的抗癌专利药物格列卫，“一年下来的费用近30万元”。而能吃得起这种药的，仅是极少数病友。陆勇记得，数百人的病友QQ群里，几乎每个星期都有QQ头像不再亮起。由于难以承担高额费用，2004年，陆勇开始接触印度仿制抗癌药，并还将这种方式介绍给国内其他病友。2013年，印度药价格降至200元每盒，是正版药的百分之一。卷入案件15个月，当事人陆勇仍坚信自己无罪。他希望尽快恢复平静生活，并坦言以后会继续帮助病友，但“肯定会更加谨慎”。陆勇还萌发了成立基金会的想法，在国家医保层面不能完全覆盖的情况下，展开互助自救。“我们每一个白血病患者，最大的希望就是能有尊严地活下去。”对话关于代购北青报：当初你是怎么接触到印度仿制药的？陆勇：我是2002年查出慢粒白血病的，当时抗癌专利药瑞士格列卫价格很昂贵，也没有任何慈善活动，患者得自费购买，每盒23500元。一年近30万元，我吃了两年。家里负担太重了，能否找到匹配的骨髓移植也是问题。我自己也很纠结，就上一些国外论坛，浏览一些这个领域的前沿学术。2004年6月份，我看到一篇介绍韩国慢粒白血病人的文章，有两句话让我眼前一亮：第一句是2001年时，韩国慢粒白血病患者已经从印度买到仿效药；第二句话是价格是正版药的三分之一。后来，我才从日本辗转买到印度的这种药物，当时每盒4000元人民币。拿到这个药后，看到药盒上有制药企业的联系方式，我便尝试发了一份传真，希望能直接购买。我是国内第一个跟印度公司联系的人。试吃了一个疗程后，感觉效果可以，我就告诉QQ群里其他病人。于是，到2004年9月份，大家都买到这个药了。北青报：后来你就充当起了销售商及病友中间人的角色？陆勇：好多患者不懂英文，我开始就帮他们翻译、转发邮件。对印度公司而言，我是第一个跟他们联系的中国人，他们认为通过我会比较方便，所以后来遇到网银升级的问题时，他们就跟我商量。刚开始，我们找了两名云南病友，由他们提供汇款账户，印度公司给他们提供免费药品。但后来交易数额大了，两名病友怕被警方怀疑洗钱，不愿意继续提供。所以我在网上买了一个信用卡账户，给印度公司使用。这才形成类似代购的事实。但其实我并没有代购。北青报：之前不少媒体称你是作为“抗癌药代购第一人”卷入案件。但你好像认为自己被误解了？陆勇：对。我只是把自己购买抗癌药的办法告诉大家，让大家也自己去按照我这个办法跟印度方面联系，按照他们提供的流程购买，价格按照我之前谈好的最便宜的价格卖给大家。只是跨国汇款（美金）有点麻烦，很多病友英文不好，不知怎么办理。在跟印度公司反映后，对方在中国国内开通人民币账户，简单方便。但后来网银频繁升级，还要绑定手机号，每次都需要账户开设人来中国办理，很麻烦。印度公司就让我帮忙，找一张信用卡。所以，我是因为在网上买了一张信用卡提供给印度公司使用，才出了问题。不管买药、付款，全是病友自己完成的，不是我买了再转给他们。关于假药北青报：有统计过帮多少病友买过药吗？陆勇：上千人不止。北青报：购进未得到药监部门审批进入的都属于销售“假药”，你怎么看待这个界定？陆勇：药效有效、能控制我们的病情，我们就认为它是真药；至于法律上认为未经
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